Johann Heinrich Schäfer (* 29. Oktober 1868 in Berlin; † 6. April 1957 in Hessisch Lichtenau) war ein deutscher Ägyptologe. Schäfer gehörte der grundlagenforschenden ägyptologischen Forschergeneration von Eduard Meyer (1855–1930), Sir Flinders Petrie (1853–1942), Sir Alan Gardiner (1879–1963), Alexandre Moret (1868–1938) sowie Adolf Erman (1854–1937) und seinen Schülern Ludwig Borchardt (1863–1938) und Kurt Sethe (1869–1934) an.
Heinrich Schäfer wuchs in Berlin auf und machte am Königlichen Wilhelms-Gymnasium 1887 das Abitur. Als Schüler besuchte er die Sammlungen des Ägyptischen Museums in Berlin und brachte sich autodidaktisch grundlegende ägyptologische Kenntnisse bei. Anschließend studierte Heinrich Schäfer in Berlin Ägyptologie und Klassische Philologie bei Adolf Erman. 1892 promovierte er und absolvierte danach seinen Militärdienst. Ab 1888 war Schäfer bei Erman wissenschaftlicher Mitarbeiter in der ägyptischen Abteilung der Königlichen Museen zu Berlin. Dann stieg er vom Direktionalassistenten zum Professor auf, anschließend zum Titulardirektor und letztlich von 1914 bis 1935 zum Direktor der ägyptischen Abteilung der Staatlichen Museen in Berlin auf. Seine wissenschaftliche Tätigkeit im Museum unterbrach er für mehrere Forschungsreisen nach Ägypten. 1921 wurde er zum korrespondierenden Mitglied der Göttinger Akademie der Wissenschaften gewählt.
Er war vom Oktober 1898 bis März 1899 an der Ausgrabung des Sonnenheiligtums bei Abusir und der Papyrusgrabung in Ihnâsja beteiligt. Dann unternahm er eine Reise bis zum zweiten Katarakt vom Oktober 1899 bis April 1901. Von Juni 1908 bis April 1909 nahm er an der Expedition der Berliner Akademie zur Rettung der durch die Nilstauung gefährdeten Reliefs und Inschriften der Tempel von Philae und Unternubien teil. Vom Oktober 1911 bis April 1912 war er an der Expedition der Wiener Akademie zur Erforschung der nubischen Sprache beteiligt und 1925 reiste Schäfer zunächst durch Ägypten und anschließend bis nach Philae. Letztmals bereiste er 1937 Ägypten.
Heinrich Schäfer erlangte durch seine wissenschaftlichen Leistungen internationale Anerkennung und starb im Alter von 87 Jahren in Hessisch Lichtenau in Hessen.