Въз основа на преобладаващите животински изображения изследователите интерпретират религията като шаманска вяра в духове и тотемизъм.  Свещените животни са три категории - обожествявани като обект на лова и прехраната (диви едо и чифтокопитни),  във връзка с култа към предците  (хранещите се с мърша птици като посредници между  земния свят и този на отвъдното, които пренасят плътта на починалите на небесата според  предположението на археоложката Даниел Стордьор (Danielle Stordeur)от  Centre National de Recherche Scientifique, Франция - вж. по-долу) или представляващи опасност (змиите- будещи суеверен ужас със способността да умъртвяват мъчително въпреки малките си размери и едрите хищници).  Възможно е многобройните изображения да са подпомагали изпадането на жреците в шаманистичен екстаз, по време на който те да са  влизали във въображаем контакт с животните-духове или да са се отъждествявали с тях.  Стелата с човешка глава и животинска долна част като че ли потвърждава такова предположение (шаманът като получовек-полуживотно). Също така една от последните находки (каменна колона с форма различна от Т-колоните; октомври 2010) демонстрира забележително сходство с глобално разпространените сред примитивните култури тотемни стълбове.

  Въпреки липсата на погребения, изображението на обезглавено човешко тяло заобиколено от лешояди подсказва, че заупокойният ритуал на строителите е бил не погебение или кремация, а оставяне тялото да бъде изядено от мършояди – животни и птици (както например предписва зороастрийската религия). Възможно е оглозганите кости впоследствие да са били оставяни в специални костници. Предварително отделената от тялото глава на покойника (изображения на такива ритуални глави са намерени в Невалъ Чори, обект безспорно свързан със светилището) по всяка вероятност е била обработвана и украсявана по специален начин, за да служи като предмет за поклонение в култа към предците. Именно този хипотетичен елемент сближава културата от Гьобекли Тепе с предшестващата я Натуфийска мезолитна култура (ок. 12 500-9 500 г. пр. н.е.), която е познавала подобни практики (находките в стоянките Хайоним, Нахал Орен, Айн-Маллах в дн. Израел и Палестина). Както тук, така и в Йерихон (Палестина) и Чатал Хююк  и няколко места в съседна Сирия (културата Тел Мурейбет/ Tell Mureybet) лешоядите са иконографски образи на които се отделя особено внимание. In situ (на място) са открити и каменни глави,  в естествен размер и без тяло или изображения на глави придружавани от хищни птици,  които находки се вписват чудесно в тази линия на разсъждения.

    В комплекса не са открити изображения, намекващи за наличето на ритуали за плодородие. Открити са обаче статуетки на мъже с пенис в ерекция, които заедно с голата Венера дават достатъчно податки, че на това общество не е бил чужд пиететът към плодовитостта. Интерпретациите обаче на две Т-образни колони в центъра като мъжки и женски символи е по-скоро спекулация.

   При всички случаи обаче  религиозните идеи  на строителите на Гьобекли Тепе  и производните от тях обреди  са  подчертано агресивни, мрачни и обвързани със смъртта. Както обобщава турският изследовател Бурчин Ердоджу (Burçin Erdoğu) от Тракийския университет (Trakya Üniversitesi, Одрин):  „Насилието и символичното убийство са били доминиращи представи в изкуството”. Друга тяхна отличителна черта е публичността: култът е бил подчертано обществена проява и вероятно домашните олтари и богослужения не са били познати. Самият Клаус Шмид отива дори още по-далече, като нарича композициите „зловещ сценарий, напомнящ по нещо Ада на Данте”.

  Цялото това изобилие от образи, форми, форми, ритуали и символически асоциации с право е определено от френския археолог проф. Жак Кувен (Jacques Cauvin; 1930-2001) като „революция на символите” ("révolution  des symboles”). Изненадата, която поднася този археологически обект обаче е, че този аспект на  „неолитната революция” не следва нейния стопански аспект (производството на храни), а го изпреварва във времето. 

  Култовият център  възниква още в края на мезолита (11 000 - 10 000 г. пр. н.е.). Най-впечатляващата част от историята на комплекса  - слой III е разположен в епохата на т. нар. Докерамичен неолит, фаза А (Pre-Pottery Neolithic A, PPNA: 9500-8500 г. пр. н.е.) и разцветът му се датира малко преди 9000 г. пр. н.е. Етапът на упадък – слой II е около 8000 г. пр. н.е. (Докерамичен неолит, фаза B; Pre-Pottery Neolithic B , PPN B) , а между началото и средата на VIII хилядолетие (7900-7400 г.пр. н.е.) Гьобекли Тепе е затрупан и изоставен.

  Тази  ранна цивилизация се развива от предшестващата я  Натуфийска мезолитна култура (съществувала в Палестина, Сирия, Северна Месопотамия и Южна Анатолия ок. 12 500-9 500 г. пр. н.е.) и е родствено свързана с друга, която по същото време изгражда първия укрепен със стена голям град в света - Йерихон (ок. 9400 г. пр. н.е., с население повече от 1000 души). Населението най-вероятно е говорело на праезик от оформящото се тогава афразийско (остаряло наименование: семито-хамитско) макросемейство. Следователно са били потомци на емигранти от Северна Африка, напуснали тогавашните савани на днешната пустиня Сахара за да основат процъфтяващи поселища в Леванта. Съществува и хипотетичната, макар малко вероятна и недоказуема,  възможност тази етническа група да е била далечен предшественик на шумерската. Шумерите се спускат в низините на Месопотамия от планинска страна на север, носейки със себе си една вече оформена култура и специфичен език –изолат. Съгласно техните вярвания социалната организация, земеделието и скотовъдството са дадени на хората на свещената планина Дул-Кур (акад. Дул-Куг) от боговете Анунаки (все още безименни и неперсонализирани като стилизираните божества от Гьобекли Тепе).